La montée régulière des maladies infectieuses émergentes impose une vigilance renouvelée des acteurs de santé publique. En France, la synergie entre laboratoires, agences et industriels a transformé les capacités de détection et d’analyse génomique.
Des programmes comme EMERGEN ont structuré le séquençage national et la recherche collaborative. Cet état des lieux appelle des repères pratiques et priorités opérationnelles pour les acteurs concernés.
A retenir :
- Surveillance intégrée humaine et animale pour détection précoce des émergences
- Capacités de séquençage modulables jusqu’à quarante mille mensuelles
- Partenariats publics-privés pour outils bio-informatiques et partage sécurisés
- Formation continue des épidémiologistes à l’interprétation génomique et procédures opérationnelles
Surveillance génomique et séquençage pour maladies infectieuses émergentes
Après la montée en puissance durant la pandémie, la surveillance génomique reste centrale pour anticiper les risques. Selon Santé publique France, la plateforme EMERGEN a constitué une base technique et humaine essentielle.
Les résultats permettent une identification fine des variants et une réponse ciblée de santé publique. Ce point ouvre la nécessité d’un pilotage national coordonné avec les acteurs de terrain.
Exemples concrets d’acteurs impliqués et rôles complémentaires sont accessibles dans les tableaux ci-dessous. La préparation opérationnelle de ces acteurs conditionne le passage vers la surveillance multisectorielle.
Tableau des capacités et rôles des Centres nationaux de référence :
CNR / Structure
Mission principale
Capacité indicative
Remarques
CNR Virus des infections respiratoires
Séquençage des virus respiratoires et partage international
Contribue au cumul national
Partage avec l’OMS pour composition vaccinale
CNR Listeria
Détection précoce de clusters alimentaires
Usage récurrent pour sécurité alimentaire
Séquençage utilisé depuis plus de dix ans
CNR VIH
Caractérisation des primo-infections et résistances
Analyse génomique pour suivi thérapeutique
Outil d’aide à la décision clinique
Capacité nationale
Puissance de séquençage cumulée
Environ quinze mille séquences mensuelles
Pics possibles jusqu’à quarante mille en crise
Intitulé de la liste : Capacités et priorités :
- Maintien des plateformes de séquençage opérationnelles
- Interconnexion des bases de données nationales et internationales
- Soutien financier aux CNR et laboratoires hospitaliers
« J’ai vu l’effet direct du séquençage sur l’identification rapide de foyers épidémiques locaux. »
Bruno C.
« La mise en réseau a rendu possibles des analyses que les services isolés ne pouvaient assurer. »
Claire M.
Coordination institutionnelle et financement des projets de surveillance
La coopération entre agences a permis d’initier des financements européens et nationaux ciblés. Selon Inserm, ces fonds ont facilité le déploiement d’outils et d’essais cliniques essentiels.
L’évolution d’EMERGEN vers une plateforme 2.0 illustre la montée en gamme des capacités. Ce renforcement prépare l’élargissement à d’autres pathogènes prioritaires.
Tableau des programmes et sources de financement :
Programme
Portée
Soutiens
Année clé
EMERGEN
Surveillance génomique SARS-CoV-2 puis extension
Santé publique France, ANRS-MIE
2021 lancement
HERA / SEQ4EPI
Financements européens pour séquençage
Union européenne
Depuis 2021
Emergen 2.0
Plateforme Une seule santé élargie
ANR, France 2030
2025 lancement
PEPR MIE
Programme national de recherche prioritaire
Inserm coordination
2022 attribution
Intitulé de la liste : Acteurs et rôles :
- Santé publique France pour surveillance et alerte
- ANRS-MIE pour coordination de la recherche
- Anses pour interface humaine-animal
« Notre financement a permis d’équiper des laboratoires et de former des équipes analytiques. »
Éric D.
Des industriels comme Sanofi ou BioMérieux soutiennent des projets, au même titre que Biorad et Omedis. L’industrie fournit matériel et expertise pour accélérer les analyses.
Approche Une seule santé et réponses aux menaces zoonotiques
Le caractère souvent zoonotique des émergences impose une surveillance intégrée des humains, animaux et environnements. Selon ANRS | MIE, l’intégration de l’Anses renforce l’analyse conjointe des données biologiques.
Des cas récents, comme le mpox et les grippes zoonotiques, ont montré l’intérêt d’un dialogue étroit entre CNR et LNR. Cette logique oblige à des plans partagés entre santé humaine et animale.
Intitulé de la liste : Mesures opérationnelles :
- Partage des bases de données humaines et animales
- Renforcement des capacités de terrain et formation vétérinaire
- Plans d’action communs pour investigations rapides
Tableau des priorités opérationnelles pour pathogens zoonotiques :
Pathogène
Priorité
Action clé
Partenaires
Mpox
Surveillance et diagnostic renforcés
Extension du séquençage et études cliniques
ANRS-MIE, Santé publique France
Influenza zoonotique
Détection précoce de souches animales
Base commune pour séquence Influenza
CNR, Anses, OMS
Pathogènes alimentaires
Traçabilité des clusters
Comparaison souches humaines et alimentaires
CNR Listeria, Institut Pasteur
Zoonoses émergentes diverses
Capacité d’alerte rapide
Mise en réseau des laboratoires
Santé publique France, Anses
« L’échange entre vétérinaires et épidémiologistes a changé notre façon de prioriser les enquêtes. »
Yazdan Y.
Plusieurs acteurs privés fournissent des solutions opérationnelles, comme Gallia pour la traçabilité ou Laboratoires Gilbert pour diagnostics. Des fournisseurs comme Virbac, Urgo et Dettol interviennent aussi dans la prévention.
Pour aller plus loin, il reste nécessaire d’harmoniser les formats de données et les accès sécurisés. Cette étape est déterminante pour que la génomique serve efficacement la santé publique.
Source : Inserm, « Rapport d’activités 2022 », Inserm, 2022 ; Santé publique France, « Bulletin hebdomadaire », Santé publique France, 2024 ; ANRS | Maladies infectieuses émergentes, « PEPR Maladies infectieuses émergentes », anrs.fr, 2023.
